Zanieczyszczenie Rzeka jest zanieczyszczana niedostatecznie oczyszczonymi ściekami odprowadzanymi do jej koryta w górnym biegu przez jedną z oczyszczalni Przedsiębiorstwa Komunalnego Nadarzyn Sp. z o.o., znajdującą się przy ul. Turystycznej 50 w Nadarzynie. Pierwsze doniesienia o zanieczyszczeniu pochodzą z 2013 roku. Mieszkańcy okolic skarżyli się wówczas na silny fetor unoszący się znad rzeki „Zimna Woda” oraz zauważalny czarny szlam w jej korycie. Przyczyną był poważny incydent awaryjny.
Kolejne potwierdzone przypadki zanieczyszczenia, udokumentowane przez Wojewódzki Inspektorat Ochrony Środowiska, miały miejsce w 2021 roku. W 2025 roku, w związku z niewydolnością i przestarzałą infrastrukturą oczyszczalni, zanieczyszczenie stało się problemem regularnym. WIOŚ w swoim raporcie, a także w ponagleniu skierowanym do Wójta Gminy NadarzynWarszawa z 21.07.2025 r., alarmował o pogarszającym się stanie rzeki.
Mieszkańcy okolic oczyszczalni oraz gminy Brwinów skarżą się na nieustanny fetor i domagają się reakcji władz lokalnych w celu powstrzymania degradacji środowiska.