W latach 1992–1993 prowadził wykłady na temat mesjanizmu na Uniwersytecie w Hamburgu. Był dwukrotnym stypendystą Herzog August Bibliothek w Wolfenbüttel. Od 1996 związany zawodowo z Żydowskim Instytutem Historycznym. Był członkiem rady naukowej tej jednostki. Jest redaktorem naczelnym „Kwartalnika Historii Żydów”. W pracy naukowej zajął się mesjanizmem żydowskim, mistyką żydowską, chasydyzmem, frankizmem oraz chrześcijańskimi misjami wśród Żydów w XVIII wieku.
Jego bratem był religioznawca Tadeusz Doktór.
Odznaczenia i wyróżnienia W 2011 prezydent Bronisław Komorowski odznaczył go Krzyżem Kawalerskim Orderu Odrodzenia Polski. W 2018 otrzymał Krzyż Wolności i Solidarności, a w 2023 Medal Stulecia Odzyskanej Niepodległości.
W 2024 został wyróżniony Nagrodą Klio III stopnia w kategorii autorskiej za książkę Jakub Frank i jego mesjańska droga. W tym samym roku za tę samą publikację otrzymał II Nagrodę im. Józefa A. Gierowskiego i Chonego Shmeruka.
Wybrane publikacje Jakub Frank i jego nauka na tle kryzysu religijnej tradycji osiemnastowiecznego żydostwa polskiego, IFiS PAN, Warszawa 1991. Księga słów Pańskich.