W 1801 zmarli Brunsdon i Thomas. W tym samym roku generalny gubernator założył Fort William, uczelnię mającą kształcić służbę cywilną. Zaoferował w niej Careyowi stanowisko profesora języka bengalskiego. Współpracownikami Careya w Fort William byli pandici, z którymi mógł konsultować swój przekład Nowego Testamentu na bengalski. Napisał także gramatykę bengalskiego oraz sanskrytu i rozpoczął tłumaczenie Biblii na sanskryt. Po konsultacjach z panditami i ustaleniu, że praktyki składania na ofiarę niemowląt oraz sati nie mają podstawy w świętych pismach hinduizmu, przekonał generalnego gubernatora do wprowadzenia ich zakazu.
Dorothy Carey zmarła w 1807. Z powodu swojego załamania nerwowego nie była użytecznym członkiem misji, a nawet stanowiła przeszkodę w jej pracy. Rok później Carey ożenił się powtórnie, z Dunką Charlotte Rhumohr, członkinią jego kościoła. Ich małżeństwo trwało trzynaście lat, aż do jej śmierci.