7 lipca 1943 podczas próby aresztowania przez Gestapo w Wilnie na punkcie kontaktowym przy ul. Bankowej, został ciężko ranny w lewe płuco, jednak udało mu się uciec i został ewakuowany na prowincję, gdzie do sierpnia 1943 leczył się z odniesionej rany. Po zwolnieniu z funkcji szefa Kedywu otrzymał rozkaz zorganizowania oddziału partyzanckiego i wymarszu do Puszczy Rudnickiej. Od 25 sierpnia 1943 do 19 marca 1944 był dowódcą Oddziału Partyzanckiego „Brony” w dyspozycji dowódcy Okręgu AK Wilno. Od stycznia 1944 stoczył wiele potyczek z niemiecką żandarmerią. W nocy z 31 marca na 1 kwietnia 1944, w czasie ataku na Ostrowiec, otrzymał bardzo ciężki postrzał w prawe płuco i został ewakuowany na leczenie. 7 lipca 1944 dowodził akcją ataku na niemiecką kolumnę, która konwojowała jeńców różnych narodowości. Uwolniono kilkaset osób, głównie Rosjan. Po zajęciu Wilna przez Armię Czerwoną i aresztowaniu mjr. Franciszka Koprowskiego ps. Konar, kpt. Adam Boryczka przejął dowództwo brygady i wycofał się do Puszczy Rudnickiej. Wobec jej blokady przez wojska NKWD ppłk Ignacy Blumski ps. Strychański zwolnił żołnierzy AK z przysięgi i nakazał rozwiązanie oddziałów zgrupowanych w puszczy. Boryczka zgromadził wokół siebie oddział złożony z około 250 ludzi, zgłaszając gotowość prowadzenia dalszej walki.