Przy częstotliwości 2,45 GHz cząsteczki wody drgają na tyle szybko, by zapewnić dobre pochłanianie, a tym samym i szybkie ogrzewanie potrawy, lecz mikrofale wnikają w głąb tylko na około 2,5 cm (w zależności od zawartości wody w ogrzewanym produkcie). Przy mniejszych częstotliwościach fale wnikałyby głębiej, lecz przenikałyby przez cienkie struktury – tym samym ogrzanie potrawy mogłoby trwać dłużej.
Rodzaj nagrzewanych substancji Transfer energii z fal elektromagnetycznych do materiału podgrzewanego jest efektywny wówczas, gdy materiał ogrzewany zawiera wodę, także w postaci związanej, lub gdy inne jego cząsteczki chemiczne mają częstość drgań lub obrotów leżącą w zakresie emitowanych mikrofal. Własność tę mają praktycznie wszystkie potrawy, które wymagają podgrzania w kuchni. Metalowe części odbijają mikrofale i nie nagrzewają się istotnie, jednak gdy w kuchence nie ma ciał pochłaniających energię mikrofal, w wyniku wielokrotnych odbić natężenie prądów wirowych w metalowej obudowie kuchenki jest tak duże, że nagrzewa nawet metalową obudowę.