Choroba bohatera i system obrażeń Malaria, ciężka choroba, na którą zapada bohater na samym początku fabuły, jest z nim do samego końca rozgrywki. Atak malarii może spotkać bohatera w każdym, dowolnym momencie gry. Musi on wtedy zażyć lek, który uśmierza objawy choroby. Jeśli bohaterowi skończą się tabletki, to w wyniku ataku straci przytomność i obudzi się w mieście, lecz jeżeli stanie się to w czasie walki, żołnierze wroga dobiją go. Zapasy leków można uzupełniać, wykonując prosty quest dla miejscowej parafii lub szpitala, polegający na dostarczeniu dokumentów grupie ludzi chcących opuścić bezpiecznie kraj, w zamian za co otrzymuje on tabletki od księdza albo lekarza..
W Far Cry 2 twórcy nie zaimplementowali tradycyjnych apteczek pierwszej pomocy. Otrzymane w boju obrażenia można leczyć za pomocą specjalnych strzykawek, ale tylko do pewnego poziomu. Cięższe rany wymagają samodzielnej interwencji chirurgicznej, za którą odpowiada kilka animacji, takich jak usunięcie kuli przy użyciu maczety lub wyrwanie wbitej w ciało gałęzi czy kawałka metalu, po czym ranę trzeba wypalić lub opatrzyć bandażem.