Mimo znacznej ingerencji ludzkiej w piętrach pogórskim i dolnoreglowym, obecnie 70% powierzchni Beskidu Żywieckiego zajmują lasy. W przedziale 1150–1400 m znajduje się iglasty regiel górny z nie najgorzej zachowanymi naturalnymi borami świerkowymi (głównie Pilsko i Babia Góra, fragmentarycznie Romanka, Lipowski Wierch i Polica). Piętro kosodrzewiny występuje na wysokościach 1400–1650 m (Pilsko i Babia Góra), a piętro muraw alpejskich powyżej poziomicy 1650 m (tylko Babia Góra).
W masywie babiogórskim stwierdzono w sumie obecność 700 gatunków roślin naczyniowych (w tym unikatowe stanowiska okrzynu jeleniego i rogownicy alpejskiej), prawie 200 gatunków mchów, ponad 100 gatunków wątrobowców, a ponadto 250 gatunków porostów i ponad 800 gatunków grzybów. W niższych partiach Beskidu Żywieckiego często występują następujące rośliny: kopytnik pospolity, przytulia wonna, goryczka trojeściowa, dziewięćsił bezłodygowy, pierwiosnek wyniosły, omieg górski, śnieżyczka przebiśnieg, wiązówka błotna, ciemiężyca zielona, naparstnica zwyczajna, widłak goździsty, storczyk męski.