Zlikwidowano wówczas dekanat bydgoski, tworząc jednocześnie dekanat fordoński, w obrębie macierzystej diecezji włocławskiej.
W okresie rozbiorów dokonano zmian administracji kościelnej. Południowa i zachodnia część powiatu bydgoskiego znalazła się w archidiecezji gnieźnieńskiej (Bydgoszcz, Dąbrówka Nowa, Łąsko Wielkie, Mąkowarsko, Samsieczno, Ślesin, Wąwelno, Wierzchucin, Solec), a część północna w chełmińskiej (Byszewo, Dobrcz, Fordon, Koronowo, Osielsko, Włóki, Wtelno, Wudzyn, Żołędowo). W 1853 roku odnowiono dekanat bydgoski, w 1952 roku podzielono go na dwa, od 1970 istniały 4 dekanaty, a od 1992 roku – 5. W okresie międzywojennym obszar obecnej diecezji bydgoskiej znajdował się w obrębie archidiecezji gnieźnieńskiej, a wschodnie fragmenty – diecezji chełmińskiej (zwanej także pelplińską, gdyż w 1821 roku przeniesiono jej stolicę z Chełmży do Pelplina, a w 1829 także seminarium duchowne). Ziemia złotowska leżała na terytorium III Rzeszy w diecezji berlińskiej. Mieszkała tam liczna mniejszość polska, a w Zakrzewie proboszczem był znany polski duchowny i prezes Związku Polaków w Niemczech ks. Bolesław DomańskiWojciech Sławiński: Losy majątku poewangelickiego na wybranych przykładach z terenu diecezji bydgoskiej (1945–1989). Zarys zagadnienia, [w:] Studia Bydgoskie t. 4.