Album Stagg, a w 1997 zespół opuszcza wytwórnię Atlantic Records, kończąc tym samym lata największych sukcesów, i wracając ponownie do podziemia (jest tym samym jednym z niewielu zespołów, które „odkupiły” swoją duszę od diabła, który w świecie muzyki alternatywnej utożsamiany jest z wielkimi, mainstreamowymi wytwórniami) Powracając do wytwórni Amphetamine Records zespół wydaje album Honky (1996) oraz płytę Alive at the F*ckerclub in 1998, zarejestrowaną na żywo w Richmond w Australii w sierpniu 1997.
W 1999 r. Melvins rozpoczynają współpracę z wytwórnią Ipecac (której właścicielem jest Mike Patton). Pierwszym dzieckiem tej współpracy jest wydanie trylogii: The Maggot (1999), The Bootlicker (1999) i The Crybaby (2000) oraz reedycje płyt wcześniejszych (m.in. Gluey Porch Treatments). Miłość Melvins do eksperymentów ujawnia się na kolejnych albumach, Electroretard (2001) oraz Collossus of Destiny (2001) a również na wspólnym albumie ze znanym DJ-em – Lustmordem – Pigs of the Roman Empire (2004).Uwieńczeniem współpracy Melvins z Jello Biafrą, wokalistą grupy Dead Kennedys, było wydanie dwóch albumów Never Breathe What You Can’t See (2004) oraz Sieg Howdy!