Moralności Finansowej.
W wyborach w 2004 uzyskał mandat deputowanego do Parlamentu Europejskiego VI kadencji z wynikiem prawie 37 tys. głosów, co stanowiło najlepszy wynik wśród wszystkich kandydatów laburzystów. W PE był członkiem Partii Europejskich Socjalistów i (od 2007) wiceprzewodniczącym Komisji Gospodarczej i Monetarnej. Pełnił również funkcję wiceprzewodniczącego delegacji ds. stosunków z Białorusią.
W marcu 2008 ogłosił zamiar ubiegania się o stanowisko lidera Partii Pracy po tym, jak z funkcji tej zrezygnował po trzecich z rzędu przegranych wyborach parlamentarnych Alfred Sant. Wybory przewodniczącego Partii Pracy odbyły się w dniach 5 i 6 czerwca 2008. W pierwszym głosowaniu Joseph Muscat zdobył prawie połowę głosów delegatów, natomiast w drugiej rundzie głosowania uzyskał 2/3 głosów i został wybrany na przewodniczącego tego ugrupowania, pokonując George'a Abelę.
Jako lider opozycji 30 września 2008 zrezygnował z zasiadania w Europarlamencie (zastąpił go Glenn Bedingfield). Jednocześnie poseł Joseph Cuschieri celowo ustąpił z Izby Reprezentantów, aby mógł w niej zasiąść przywódca Partii Pracy.