Hiszpan był jedynym zawodnikiem, który miał pozytywny bilans meczów ze Szwajcarem w tym okresie, licząc tych, którzy rozegrali z Federerem przynajmniej 2 mecze. Na kortach French Open Nadal pokonywał Federera sześciokrotnie, w tym czterokrotnie (2006–2008, 2011) w finale. Do obu tenisistów należą rekordowo długie passy zwycięstw na poszczególnych nawierzchniach (Nadal posiada rekord na kortach ziemnych, a Federer na kortach twardych i trawiastych). Co więcej, każda z tych rekordowych serii jednego gracza była kończona przez drugiego. W latach 2006–2008 spotykali się ze sobą w finałach French Open i Wimbledonu. Nadal wygrał wszystkie 3 finały French Open oraz finał Wimbledonu (2008), a Federer 2 finały Wimbledonu (2006 i 2007). Finał Wimbledonu z ich udziałem z roku 2008 został przez wielu tenisowych ekspertów i byłych tenisistów okrzyknięty jako mecz wszech czasów. Obaj są pierwszymi tenisistami w erze open, którzy dziewięciokrotnie grali ze sobą w finałach turniejów wielkoszlemowych (6 zwycięstw Nadala). W latach 2006–2008 ich jedyne porażki w finałach turniejów Wielkiego Szlema miały miejsce w konfrontacji z nimi samymi (Federer przegrał finał Australian Open 2009, Wimbledonu 2008 i French Open 2006, 2007 i 2008 z Nadalem, a Nadal przegrał finały Wimbledonu 2006 i 2007 z Federerem).