Dnia 6 lipca 2008 obaj zawodnicy spotkali się po raz trzeci z rzędu w finale Wimbledonu. Pięciosetowy pojedynek wygrał Nadal, wynikiem 6:4, 6:4, 6:7(7), 6:7(8), 9:7 i zakończył serię zwycięstw Federera na kortach wimbledońskich. Sama gra trwała niemal 5 godzin i była dwukrotnie przerywana przez opady deszczu. Mecz, który rozpoczął się po południu, zakończył się przy zapadających ciemnościach. thumb|left|245px|Federer podczas Monte Carlo Masters
Po wygranej turnieju na kortach twardych w Toronto i półfinale w Cincinnati Nadal zdobył złoty medal igrzysk olimpijskich w Pekinie, zaś Federer w parze ze Stanislasem Wawrinką wygrał złoty medal w deblu.
Na US Open Rafael Nadal, uważany, za głównego faworyta imprezy, w półfinale nie sprostał Andy’emu Murrayowi. Szwajcar na kortach w Nowym Jorku pokonał w finale Murraya, wygrywając 13 turniej wielkoszlemowy.
W sezonie startów w hali obaj tenisiści odpadli w półfinale turnieju w Madrycie i z powodu kontuzji nie ukończyli turnieju w Paryżu.