Do macochy, którą ironicznie nazywali „Madrińką – perłą wśród matek”, odnosili się z pewnym dystansem i marzyli o samodzielnym życiu, co bywało źródłem napięć z ojcem.
W 1865 roku rodzina przeniosła się do Saratowa, gdzie ojciec, w randze podpułkownika, objął dowództwo nad miejscowym garnizonem. W wieku dziesięciu lat u przyszłego artysty dostrzeżono wyjątkowe zdolności plastyczne, a jednocześnie coraz większą fascynację teatrem i muzyką. Ogromne wrażenie wywarła na nim kopia Sądu Ostatecznego Michała Anioła, sprowadzona do Saratowa – według relacji siostry Wrubel potrafił odtworzyć jej kompozycję z pamięci, zachowując wszystkie detale. Dostrzegając jego talent, ojciec zatrudnił dla niego nauczyciela, Andrieja Godina.
Badaczka twórczości artysty, Nina Dmitrijewa, zauważa, że młody Wrubel zapowiadał się raczej na wszechstronnego dyletanta niż na artystę owładniętego pasją twórczą – a jednak to właśnie ta obsesja ukształtowała jego niezwykłą osobowość i dorobek.