Wybudowano murowaną świątynię (drugą, po czerwińskiej, na Mazowszu), lecz w znacznym oddaleniu od grodu.

W końcu XIII wieku książęta Konrad II i Bolesław II zaangażowali się w kilka politycznych sojuszy, które doprowadziły do wojny między braćmi a także kilku poważnych najazdów litewskich, którym uległ system umocnień nad Utratą. Konrad II skupił następnie swoją uwagę na grodzie nad Wisłą – Warszawie. Po jego śmierci Bolesław II rozpoczął proces centralizacji władzy i przebudowy systemu umocnień. Straciły znaczenie fortyfikacje w centrum dzielnicy. Gród błoński zaczął upadać, ale osada wokół kościoła Św. Trójcy rozwijała się nadal.

2 maja 1338 roku Błonie otrzymało prawa magdeburskie od Władysława, księcia krakowskiego, łęczyckiego i dobrzyńskiego. W 1380 książę mazowiecki Janusz I Starszy wydał przywilej lokacyjny dla miasta na prawie chełmińskim, zwolnił mieszkańców ze wszelkich świadczeń i dał prawo handlu towarem bez opłat celnych. W XIV wieku miasto stało się stolicą powiatu. Od końca XV wieku Błonie było siedzibą starostwa niegrodowego. W tym czasie osiedlili się tu Żydzi wypędzeni z Warszawy, zajmując się handlem i rzemiosłemMapa gminy Błonie, przewodnik turystyczny po zabytkach, Agencja REGRAF..