25 września otrzymał rozkaz przepłynięcia do cieśniny Kossol, w pobliżu Palau, gdzie po raz pierwszy w służbie znalazł się pod ogniem wroga.
Warsztatowiec opuścił Kossol 21 stycznia 1945 i przepłynął do kotwicowiska Ulithi, by pomagać flocie w czasie bitwy o Iwo Jima i atakach na Okinawę. 19 lutego przeszedł do zatoki San Pedro na Filipinach, by naprawiać okręty w czasie inwazji na Okinawę. Pomimo tego, że w skład jego obowiązków wchodziła głównie naprawa okrętów i jednostek pływających Sił Amfibijnych, przeprowadził także remont i przeróbki pancerników USS "Texas" (BB–35) i USS "Colorado" (BB-45) na Filipinach.
Koniec wojny zastał okręt w Guiuan na wyspie Samar w czasie remontu statku towarowego "Justin", dawnego SS "Gus Darnell", który wymagał napraw uszkodzeń od bomb i przeróbek związanych z pełnieniem nowych obowiązków. "Prometheus" kontynuował wykonywanie swoich obowiązków na Okinawie i w Hongkongu. Pod koniec roku wrócił do San Francisco. Tam wykonywał obowiązki związane z wycofywaniem innych okrętów ze służby do 1 lipca 1946, kiedy to sam został wycofany.