Instytut powstał w 1956 r., kontynuując działalność dawnych katedr historycznych przy Uniwersytecie im. Adama Mickiewicza w Poznaniu (przedtem Uniwersytecie Poznańskim). Związanych z nim było wielu uznanych badaczy, m.in. Janusz Pajewski, Henryk Łowmiański i Jerzy Topolski. Również obecnie zatrudnia naukowców o znaczącym dorobku naukowym. Pracownicy naukowi Instytutu zajmowali też często najważniejsze stanowiska w hierarchii uniwersyteckiej – rektorów: Gerard Labuda (1962–1965), Czesław Łuczak (1965–1972) i Benon Miśkiewicz (1972–1981) oraz prorektorów: Czesław Łuczak, Benon Miśkiewicz, Stanisław Sierpowski (1985–1987), Jerzy Strzelczyk (1987–1990), Przemysław Hauser (1996–2002), Zbigniew Pilarczyk (2008–2016) i Rafał Witkowski (od 2020); wielokrotnie obejmowali także funkcję dziekanów Wydziału Historycznego. Instytut początkowo afiliowany był przy Wydziale Filozoficzno-Historycznym, od reorganizacji struktur uniwersyteckich w 1976 przy Wydziale Historycznym. Od 1 października 2019 Instytut funkcjonuje jako Wydział Historii.
Władze Wydziału W kadencji 2024–2028: Stanowisko Imię i nazwiskoDziekan dr hab. Przemysław MatusikProdziekan ds. studenckich i kształcenia dr hab. Katarzyna BalbuzaProdziekan ds. parametryzacji i współpracy z otoczeniem dr hab. Lucyna Błażejczyk-MajkaProdziekan ds. naukowych dr hab.