Większość jego licznych publikacji dotyczy przede wszystkim krytyki tekstu Nowego Testamentu i przypada na lata 1857-1872. Zawierają one Account of the Printed Text of the Greek New Testament (1854), nowe wydanie T. H. Horne’a Introduction to the Critical Study of the New Testament (1860) i Kanon Muratoriego: Earliest Catalogue of Books of the New Testament (1868). Tregelles był członkiem angielskiego komitetu przygotowującego przekład Biblii znany jako Revised Version (albo English Revised Version) którego Nowy Testament został opublikowany w 1881 roku, sześć lat po jego śmierci.
Tregelles napisał też Heads of Hebrew Grammar (1852), przekład Geseniusa Hebrew Lexicon (1846, 1857) z łaciny, jest autorem niewielkiego dzieła o jansenizmie (1851) i różnych dzieł poświęconych eschatologii (np. Remarks on the Prophetic Visions of Daniel, 1852, new ed., 1864). Podobnie jak jego kuzyn, Benjamin Wills Newton, który odegrał ważną rolę w nawróceniu Tregellesa i który wspierał finansowo publikacje jego dzieł, Tregelles był zwolennikiem nadejścia Paruzji Chrystusowej po tzw. wielkim ucisku”Victorian Web. Tregelles wsparł później Newtona w jego konflikcie z John Nelson Darby i Exclusive Brethren..