Od 1920 r. w Ukraińskiej Socjalistycznej Republice Radzieckiej zakazano działalności Kościoła baptystycznego. Ograniczona reaktywacja nastąpiła w czasie i po II wojnie światowej. W 1944 r. połączono Unię Baptystów z Unią Ewangelicznych Chrześcijan tworząc Kościół Ewangelicznych Chrześcijan Baptystów. Do nowo powstałej federacji wyznań ewangelicznych po krótkim czasie włączono także pozostałe pomniejsze wspólnoty baptystyczne i ewangeliczne. Podobną politykę stosowano w innych państwach bloku komunistycznego (np. zawiązany w Polsce Zjednoczony Kościół Ewangeliczny). Pod koniec lat 50. XX wieku 75% wszystkich wiernych Wszechsowieckiej Rady Kościoła Ewangelicznych Chrześcijan Baptystów żyło na Ukrainie. W latach 70. na ziemiach ukraińskich odnotowano potężne przebudzenie religijne, związane z wieloma nawróceniami na ewangeliczne chrześcijaństwo. Od tego czasu Kościół baptystyczny na Ukrainie należy do najszybciej rozwijających się i jest jedną z najbardziej aktywnych denominacji kraju.