ujemnego potencjału elektrycznego wnętrza komórki postsynaptycznej mierzonego względem przestrzeni zewnątrzkomórkowej). W przypadku synapsy pobudzającej jest to zmiana dodatnia, zwana depolaryzacją. W przypadku synapsy hamującej jest to zmiana ujemna, zwana hiperpolaryzacją. Tak więc następuje tu zamiana sygnału chemicznego na elektryczny. W obu przypadkach ta zmiana polaryzacji jest następnie przenoszona wzdłuż błony komórki postsynaptycznej i w pewnych przypadkach, jeżeli jest wystarczająco silna, może być propagowana wzdłuż aksonu.
Przykłady neuroprzekaźników pochodne aminokwasów: asparaginian kwas glutaminowy kwas γ-aminomasłowy (GABA) glicyna tauryna
monoaminy (w kolejności ich syntetyzowania): pochodne fenyloalaniny i tyrozyny: dopamina (da) oktopamina norepinefryna (ne/noradrenalina) epinefryna (epi/adrenalina) pochodne tryptofanu: serotonina (5ht/5-hydroksytryptamina) melatonina (Mel) pochodne histydyny: histamina (H) pochodne argininy: agmatyna
pochodne nukleozydów adenozyna adenozynotrifosforan
Pochodne kwasu arachidonowego (endokannabinoidy) anandamid 2-arachidonyloglicerol