Po powrocie do Jerozolimy Paweł VI odwiedził Wieczernik, który według tradycji chrześcijańskiej identyfikowany jest na wzgórzu nazywanym współcześnie Syjonem – najwyższym punkcie starożytnej Jerozolimy, położonym poza murami Starego Miasta, na zachód od wzgórza Ofel oraz położony obok kościół Zaśnięcia Najświętszej Maryi Panny. W czasie wizyty papieża w Wieczerniku kardynał Eugène Tisserant, któremu towarzyszyli przedstawiciele izraelskiego rządu, zapalił w imieniu Pawła VI w pobliskiej Grocie Męczenników sześć świec symbolizujących sześć milionów Żydów zamordowanych w czasie II wojny światowej. Z Wieczernika papież udał się do swej rezydencji w siedzibie delegatury apostolskiej zlokalizowanej po stronie jordańskiej. Przy bramie Mendelbauma Pawła VI żegnał prezydent Izraela. W siedzibie delegatury papież spotkał się po kolei z dwoma chrześcijańskimi patriarchami Jerozolimy – z ormiańskim Jegisze (Elizeuszem) Derderianem i z prawosławnym Benedyktem.