Po przegranym referendum popularność PQ znacznie spadła, lecz pomimo tego partia wygrała kolejne wybory w 1998. Po czteroletniej kadencji Louciena Bucharda w 2001 kierownictwo partii objął bezbarwny Bernard Landry. Doprowadziło to dalszego osłabienia poparcia dla Partii. W wyborach przeprowadzonych 14 kwietnia 2003 partia utraciła większość parlamentarną na rzecz Partii Liberalnej. Partia ponownie wygrała wybory w 2012 i utworzyła rząd mniejszościowy z Pauline Marois jako premierem. W 2013 Partia Quebecka nasiliła kampanię propagandową na rzecz suwerenności Quebecu. W 2014 Partia przegrała wybory legislacyjne, a Pauline Marois nie weszła do parlamentu prowincji i ustąpiła z przewodzenia Partii. 15 maja 2015 nowym przewodniczącym Partii został Pierre-Karl Péladeau, ur. w 1961, z wykształcenia filozof i prawnik, miliarder, główny udziałowiec grupy medialnej Quebecor. 2 maja 2016 zrezygnował z funkcji szefa partii, z funkcji szefa oficjalnej opozycji i z mandatu deputowanego do parlamentu Quebecu. 7 października 2016 nowym szefem partii został wybrany Jean-François Lisée.