Po tym wydarzeniu z klubu odeszli trener Raul Cuper i zawodnik Gaizka Mendieta.
Mistrzostwo Hiszpanii 2002 Nowy trener Rafael Benítez stworzył silną drużynę i 5 maja 2002 roku na stadionie La Rosaleda, Valencia pokonała Malagę 2:0 i została mistrzem ligi. Zwycięski skład tworzyli: Angloma, Ayala, Carboni, Curro Torres, Djukic, Fabio Aurelio, Garrido, Marchena, Navarro, Pellegrino, Aimar, Albelda, Angulo, Baraja, De los Santos, Jandro, Kily Gonzalez, Rufete, Serban, Vicente, Carew, Ilie, Juan Sanchez, Mista i Salva.
Dublet 2004 W 2004 r. pod wodzą Rafaela Beníteza klub zdobył Mistrzostwo Ligi i Puchar UEFA, pokonując w meczu finałowym na stadionie w Göteborgu Olympique Marsylia. Rafael Benítez ostatecznie odszedł z klubu przed wygaśnięciem kontraktu, obejmując angielski klub Liverpool F.C. Jego następcą został Włoch Claudio Ranieri.
Lata (2007–2017) mały|lewo|Zespół Valencii w 2012 r. Valencia wygrała Puchar Króla sezonu 2007/2008. Valencia wyeliminowała kolejno Real Unión Irún, Real Betis, Atlético Madryt i w półfinale zmierzyła się Barceloną. Po remisie 1:1 w pierwszym meczu w rewanżu rozgrywanym na Mestalla „Nietoperze” zwyciężyli 3:2.