Rejestratory lotu Największą i budzącą najwięcej wątpliwości nieregularnością dochodzenia są losy rejestratorów lotu (czarnych skrzynek) rozbitego airbusa. Obydwa rejestratory zostały odnalezione krótko po katastrofie. Francuskie przepisy przewidują, że powinny one zostać natychmiast przejęte przez policję, opieczętowane i przekazane nadzorującemu śledztwo sędziemu. Jednak w tym wypadku czarne skrzynki zostały zatrzymane przez dyrekcję lotnictwa cywilnego i skonfiskowane przez policję dopiero 10 dni po katastrofie. Nie wiadomo, co działo się z nimi w tym czasie. Zapisy z cyfrowego rejestratora danych lotu (DFDR) noszą ślady możliwych manipulacji: brak jest kilku krytycznych dla analizy wypadku sekund zapisu, a dane z DFDR są rozsynchronizowane z nagraniem rejestratora rozmów w kokpicie (CVR). Ponadto niektóre parametry lotu odczytane z DFDR są sprzeczne bądź fizycznie niemożliwe.