Ponieważ analizą przyczyn wypadku zajmowała się podlegająca ministrowi Dyrekcja Generalna Lotnictwa Cywilnego (DGAC), zrodziło się pytanie o rzetelność i bezstronność dochodzenia.
Opinia ministra i producenta była krytykowana przez stowarzyszenie pilotów, które uważało z kolei, że fundamentalnymi wadami nowego samolotu były: brak możliwości przejęcia przez pilota bezpośredniej kontroli nad sterami i redukcja załogi w kokpicie do dwóch osób. Stowarzyszenie usiłowało forsować pogląd, że właśnie te defekty przyczyniły się do katastrofy.
Ostateczny raport komisji badającej przyczyny wypadku został opublikowany w kilkanaście miesięcy po katastrofie i stał się od razu obiektem ostrej krytyki. Zarzuty koncentrowały się przede wszystkim na dwóch punktach: usterkach technicznych samolotu i wartości danych z rejestratorów lotu.
Wady i usterki samolotu Od wprowadzenia modelu A320 do eksploatacji do momentu katastrofy producent samolotu rozesłał kilkadziesiąt powiadomień o usterkach, tzw. Operational Engineering Bulletins.