W kwietniu 2017, podczas jednego ze spotkań ligowych, zerwał więzadła krzyżowe w lewym kolanie, a kontuzja ta na dłuższy czas wyeliminowała go z gry.
Powrót do ŁKS-u W grudniu 2017, po 5-letniej przerwie, Kujawa powrócił do swojego macierzystego klubu. W dwa lata udało mu się awansować z II ligi do Ekstraklasy. W tym czasie strzelił 12 bramek w 35 meczach. W maju 2019 przedłużył kontrakt z ŁKSRafał Kujawa przedłużył umowę z ŁKS Łódź. Wychowanek klubu znów zagra w ekstraklasie [dostęp: 2019-06-27]. W grudniu 2019 został wystawiony na listę transferową i od tamtego czasu nie grał w klubie. Ostatecznie odszedł z łódzkiego klubu w lipcu 2020. W momencie odejścia z ŁKS-u, klub zalegał mu ok. 100 tys. złotych.
Polonia Warszawa 12 września 2020, związał się z trzecioligową Polonią Warszawa. W barwach Czarnych Koszul rozegrał 26 meczów i zdobył 3 bramki. Ze stołecznym klubem rozstał się po jednym sezonie.
GKS Bełchatów i GKS Wikielec 26 listopada 2021, podpisał kontrakt z GKS-em Bełchatów.