Muzeum Farmacji Collegium Medicum Uniwersytetu Jagiellońskiego – muzeum założone w Krakowie w 1946 r. gromadzące eksponaty z zakresu historii farmacji i techniki farmaceutycznej.
Historia muzeum Organizatorem i pierwszym dyrektorem muzeum był dr Stanisław Proń, radca prawny i dyrektor administracyjny Okręgowej Izby Aptekarskiej w Krakowie. Aż do końca lat 80. XX w. Muzeum mieściło się w kamienicy przy ul. Basztowej 3. Zostało ono następnie przeniesione do świeżo odremontowanej Kamienicy Pod Świętą Teklą przy ul. Floriańskiej, gdzie mieści się do dzisiaj.
Ekspozycja Ekspozycja muzeum zajmuje wszystkie pięć kondygnacji budynku w tym piwnice i strych, w sposób odpowiadający historycznemu wykorzystaniu takich pomieszczeń w aptekarstwie. W piwnicach przechowywano materiał ulegający zepsuciu w pomieszczeniu suchym lub pod wpływem światła, a niepsujący się w wilgoci i w miejscu ciemnym. Strych natomiast, jako miejsce przestronne i suche, był często wykorzystywany przez dawnych aptekarzy do suszenia i przechowywania ziół leczniczych.