Koncertowa wersja utworu "My Own Prison" pojawiła się na charytatywnym albumie Live in the X Lounge, a cover utworu Alice'a Coopera "I’m Eighteen" został wykorzystany na ścieżce dźwiękowej filmu Oni z 1998 roku.
Human Clay i odejście Marshalla (1999–2000) Drugi album studyjny grupy zatytułowany Human Clay, został wydany w 1999 roku, debiutując na liście Billboard 200 z numerem pierwszym. Również pierwszy singel z tego albumu "Higher", utrzymywał się kilka tygodni na szczycie radiowych list przebojów. Kolejny singel, "With Arms Wide Open" również dotarł do pierwszego miejsca list przebojów tamtej jesieni.
W międzyczasie, Brian Marshall opuścił zespół, a podczas trasy koncertowej zastąpił go Brett Hestla (Virgos Merlot, Dark New Day). W tamtych czasach, kiedy grupa występowała na New York's Krock 92.3 "Dysfunctional Family Picnic Concert" w Holmdel w stanie New Jersey, Fred Durst, wokalista Limp Bizkit z którym Creed grali wspólnie koncert, źle się wyrażał na temat Scotta Stappa, który w odpowiedzi wyzwał Dursta na otwarty pojedynek bokserski.