Następnie przeprowadził proces integracji Armii Wielkopolskiej z resztą WP.
Dwudziestolecie międzywojenne thumb|Grobowiec rodziny Dowbor-Muśnickich w Lusowie Po wybuchu wojny polsko-bolszewickiej oddał się do dyspozycji Piłsudskiego, który chciał, aby przejął od gen. Wacława Iwaszkiewicza, jego dawnego podwładnego, dowództwo armii południowej pod Lwowem. Dowbor odmówił, bowiem cenił Iwaszkiewicza. W kwietniu 1920 odmówił przyjęcia stanowiska dowódcy 4 Armii, a w sierpniu tego roku stanowiska dowódcy Frontu Południowego wobec czego 6 października 1920 przeniesiony został do rezerwy, a z dniem 31 marca 1924 w stan spoczynkuDziennik Personalny M.S.Wojsk. Nr 94 z 14.09.1924 r..
Pełniąc funkcje dowódcze w Poznaniu, urzędował w budynku przy placu Działowym; miał też własne, dwupokojowe mieszkanie przy ul. Mylnej 15. Latem 1919 osiadł w zakupionym majątku w Lusowie, który w 30 grudnia 1925 przekształcił w majątek BatorowoW latach 1919-1925 generał sporadycznie dokupował nowe grunty do majątku. Ostatecznie, w roku 1926 obejmował on ok. 238 ha, z czego niemal 99 ha zajmowały grunty rolne, a 33 ha lasy. Warto zaznaczyć, że własnością generała była również znaczna część (około 1/3) jeziora lusowskiego – woda stanowiła ok. 72 ha powierzchni majątku.