Jovan Stanković (cyr. Јован Станковић, ur. 4 marca 1971 w Pirocie) – serbski piłkarz grający na pozycji lewego pomocnika.
Kariera klubowa Stanković wychował się w klubie FK Radnički Pirot pochodzącego z jego rodzinnego miasta Pirot. W 1992 roku został wykupiony przez Crveną Zvezdę Belgrad i w jej barwach zadebiutował w pierwszej lidze jugosłowiańskiej. Jeszcze w trakcie sezonu został wypożyczony do innego pierwszoligowca FK Radnički Niš. W 1993 roku wrócił do „Czerwonej Gwiazdy”. W 1994 roku został z nią wicemistrzem kraju, a w 1995 wywalczył tytuł mistrzowski. Zdobył także Puchar Jugosławii, który obronił rok później. W trakcie sezonu 1995/1996 został wypożyczony do Radničkiego Jugopetrol, a w Jugosławii grał do końca 1995 roku.
Na początku 1996 roku Stanković wyjechał do Hiszpanii i został zawodnikiem drugoligowego RCD Mallorca. W sezonie 1996/1997 wywalczył z nią awans do Primera División, a w lidze tej zadebiutował 31 sierpnia 1997 w wygranym 2:1 domowym spotkaniu z Valencią. W 1998 roku zajął z Mallorcą 5. pozycję w lidze oraz dotarł do finału Pucharu Hiszpanii (porażka w serii rzutów karnych z Barceloną). W 1999 roku zdobył z Mallorcą Superpuchar Hiszpanii oraz dotarł do finału Pucharu Zdobywców Pucharów, ostatniego w historii, który wygrał włoski klub S.S. Lazio 2:1.