Początkowo niektóre państwa UE, w tym głównie Niemcy, wyrażały swój sceptycyzm wobec projektu. Zarzucono mu dublowanie zadań i już istniejących instytucji, jak Partnerstwo ŚródziemnomorskieMerkel criticises Sarkozy’s Mediterranean Union plans.Slovenia criticises French Mediterranean Union proposal.. W lutym 2008 roku francuski minister ds. europejskich Jean-Pierre Jouyet oświadczył, że nowa wspólnota ma być uzupełnieniem i wzbogaceniem istniejących struktur współpracy. Ogłosił również, że bardziej odpowiednia jest nazwa Unia na rzecz Regionu Morza Śródziemnego, aniżeli Unia ŚródziemnomorskaFrance says it has no preferred EU president candidate..
Oświadczenie ministra Jouyeta wychodziło naprzeciw niektórym obiekcjom państw europejskich. W pierwotnym projekcie Sarkozy’ego członkami Unii miały być bowiem tylko państwa UE leżące nad Morzem Śródziemnym. Wywoływało to szczególny sprzeciw Niemiec. W marcu 2008 roku doszło do spotkania prezydenta Sarkozy’ego z kanclerz Angelą Merkel, w czasie którego przedyskutowano projekt nowej unii. Rezultatem spotkania była rewizja projektu francuskiego i włączenie do Unii na rzecz Regionu Morza Śródziemnego wszystkich 27 państw UE. Zadeklarowano również oparcie nowej wspólnoty na istniejącym procesie barcelońskim.