Doszło do II wojny światowej, gdyż Einstein nie zabił Hitlera, a więc wydarzenia z Red Alert i Red Alert 2 tak naprawdę nigdy nie miały miejsca. USA mimo sukcesu w Europie, z powodu braku bomby atomowej zostało pokonane w Japonii, czego skutkiem jest przynależność Hawajów do nowego zagrożenia – japońskiego Imperium Wschodzącego Słońca. Alianci zostali zepchnięci na krawędź zagłady, a Wielka Brytania to teraz jedyne wolne państwo w Europie. Resztę podbił Związek Radziecki, na którego czele stanął Czerdenko. Jednak chwilę później trójka dowiaduje się, że bez Einsteina nie ma czegoś takiego jak bomba atomowa, a na wschodzie powstało nowe supermocarstwo – Imperium Wschodzącego Słońca, które atakuje ZSRR, odsłonięte z powodu inwazji na zachodzie, i obok sowietów i aliantów stanowi jedną ze stron potężnego konfliktu zbrojnego – kolejnej, bo już III wojny światowej.
Rozgrywka W prawie każdej grze z serii Command & Conquer tryb budowy jest praktycznie taki sam, ale każda ze stron konfliktu ma swój tryb stawiania budynków w swojej bazie. Oczywiście zaczyna się od stawianiu struktur w swojej bazie, każda ze struktur ma swoje właściwości np. Koszary mogą tworzyć oddziały piechoty.