Aplikacja używa chmury OneDrive, co pozwala na edycję synchronizację danych między urządzeniami czy też użytkownikami. Zmiany innych użytkowników powodują automatyczną aktualizację notatnika u pozostałych. Program posiada system kontroli wersji, co pozwala na cofnięcie się do poprzednich wersji.
Jest możliwe tworzenie tabel, a także edycja metadanych notatnika, jak data czy czas.
OneNote zapewnia dwustronną konwersję zawartości do formatów innych programów z pakietu Office. Przykładowo tabela stworzona w OneNote może zostać skonwertowana do Excela, a arkusz stworzony w Microsoft Excel może zostać dołączony do OneNote. Zawartość notatnika może zostać przekonwertowana do pliku PDF oraz dodana jako załącznik w mailu. Aplikacja umożliwia również planowanie zadań przy pomocy programu Microsoft Outlook. Prezentacje stworzone w Microsoft PowerPoint mogą zostać przeniesione do wybranego notatnika.
OneNote umożliwia nagrywanie i odtwarzanie dźwięku. Nagranie jest przesyłane na serwery Microsoftu i tamże przekształcane na tekst za pomocą algorytmów rozpoznawania mowy, dzięki czemu je także obejmuje wyszukiwanie tekstowe. Program ma też funkcję optycznego rozpoznawania tekstu.