W 1996 oddział został podporządkowany komendantowi rejonowemu ŻW w Bydgoszczy, a jego teren działania znalazł się w granicach Pomorskiego Okręgu Wojskowego.
W 1998 rozformowana została Placówka ŻW w Gnieźnie.
W 2000 przyjęto w podporządkowanie Placówkę ŻW w Pile, która dotychczas podporządkowana była komendantowi Oddziału ŻW w Bydgoszczy. W tym samym roku Placówka ŻW w Sieradzu przekazana została w podporządkowanie komendantowi nowo powstałego Oddziału ŻW w Łodzi.
W 2001 oddział podporządkowany został bezpośrednio komendantowi głównemu ŻW.
W 2002 rozformowane zostały Placówki ZW w Ostrowie Wlkp. i Pile.
Od dnia 26 lipca 2008 Oddział Żandarmerii Wojskowej w Poznaniu nosi nazwę wyróżniającą "Wielkopolski"Decyzja Nr 283/MON Ministra Obrony Narodowej z dnia 6 czerwca 2008 r. w sprawie nadania nazwy wyróżniającej Oddziałowi Żandarmerii Wojskowej w Poznaniu w: Dziennik Urzędowy MON Nr 13 z dnia 11 lipca 2008 r., poz. 153. Decyzja weszła w życie po upływie 14 dni od dnia ogłoszenia czyli z dniem 26 lipca 2008 r..
30 lipca 2008 r. gen. bryg. Marek Witczak, komendant główny ŻW wraz z por. w st. spocz. Wiktorem Górnym, żołnierzem byłego 7 Dywizjonu Żandarmerii dokonał symbolicznego odsłonięcia tablicy informacyjnej z nową nazwą jednostki.