Wilhelm Heinrich Waagen (ur. 23 czerwca 1841 w Monachium, zm. 24 marca 1900 w Wiedniu) – niemiecki geolog i paleontolog.
Życiorys Doktoryzował się na Uniwersytecie Ludwika i Maksymiliana w Monachium. Tam też opublikował swoją pracę doktorską z geologii. W 1866 został wykładowcą paleontologii na swoim macierzystej uczelni i jednocześnie uczył księżniczkę Teresę Charlottę i księcia Arnulfa Bawarskiego, dzieci Luitpolda księcia regenta Bawarii i jego żony Augusty Ferdynandy Toskańskiej. Chociaż był doskonałym wykładowcą, ze względu na swoje zdolności w praktycznych badaniach geologicznych, nie miał w protestanckiej Bawarii większych perspektyw na karierę naukową na monachijskim uniwersytecie, gdyż był praktykującym katolikiem. W konsekwencji zaakceptował w 1870 propozycję objęcia jednego z kierowniczych stanowisk w wyprawie geologicznej do Indii.
W 1875 powrócił na stałe do Europy, wyczerpany klimatem indyjskim. Od 1877 prowadził, cieszące się dużym zainteresowaniem, wykłady o geologii Indii na Uniwersytecie Wiedeńskim. Dwa lata później został profesorem geologii i mineralogii na niemieckiej politechnice w Pradze. Od 1890 wykładał paleontologię w Wiedniu.