Są to klasyfikacje Josepha Greenberga, Stephena Wurma i Malcolma Rossa.
Największą rodziną wśród języków papuaskich miałaby być nadrodzina języków transnowogwinejskich, łącząca większość języków papuaskich i zajmująca głównie tereny nowogwinejskich wyżyn.
Ponieważ szczegółowo zbadano zaledwie jedną czwartą języków papuaskich, ich wzajemne związki są nadal wątpliwe i muszą być poddane dalszej analizie. O papuaskie pochodzenie podejrzewa się kilka języków Flores i pobliskich wysp, szczególnie wyspy Sawu (język sawu). Zazwyczaj klasyfikuje się je jako języki austronezyjskie, ale wiele z ich podstawowego słownictwa ma nieaustronezyjskie pochodzenie; dlatego też wysuwano hipotezy, że w przeszłości mogły być to języki papuaskie, które pod silnym wpływem austronezyjskim dokonały prawie całkowicie wymiany swego słownictwa. Nie wykazano jednak pokrewieństwa z papuaskimi językami pobliskiego Timoru i Halmahery.
Istnieje również hipoteza o możliwym pokrewieństwie języków zachodniopapuaskich z andamańskimi.