W okresie sprawowania władzy w Bułgarii przez tymczasowy rząd rosyjski (1878–1879) powrócił do ojczyzny, by stanąć na czele Ministerstwa Oświaty Narodowej i Spraw Duchownych. W 1878 był współpracownikiem wicegubernatora Sofii. Zaangażował się w tworzenie bułgarskiej państwowości oraz pracę nad Konstytucją tyrnowską. Dzięki propozycji wysuniętej przez Drinowa, w 1879 Sofia została stolicą Księstwa Bułgarii. Wziął także aktywny udział w założeniu Sofijskiej Biblioteki Publicznej (obecnie Biblioteka Narodowa).
W 1894 na zawsze wyjechał do Charkowa, gdzie do śmierci pracował jako uczelniany wykładowca. W 1898 został członkiem korespondencyjnym Cesarskiej Akademii Nauk w Sankt Petersburgu. Zmarł na skutek gruźlicy, po długotrwałej chorobie. Jego rodzinny dom w Panagjuriszte został zamieniony w muzeum.
Wybrane prace naukowe Marin Drinow był autorem wielu publikacji o tematyce historycznej, takich jak: Spojrzenie na pochodzenie bułgarskiego narodu i początki bułgarskiej historii (, Wiedeń 1869) Historyczny przegląd Bułgarskiego Kościoła od jego początku do dziś (bułg. Исторически преглед на Българската църква от самото ѝ начало и до днес, Wiedeń 1869) Słowiańskie osadnictwo na Półwyspie Bałkańskim (ros.