Po wybuchu II wojny światowej w 1939 pozostał na posterunku, dochowując przysięgi złożonej swego czasu na rynku w Pucku. Został aresztowany przez Niemców 11 września 1939. Następnie był więziony i torturowany przez gestapo w Pucku. Tuż po aresztowaniu miał możliwość widzenia z dziećmi, wówczas nosił już oznaki brutalnego traktowania przez Niemców. Jego żona skierowała list do Adolfa Hitlera z prośbą o zwolnienie męża, co spotkało się z odmowną odpowiedzią z Kancelarii Rzeszy w Berlinie. Prawdopodobnie 31 grudnia 1939 Leon Wzorek został rozstrzelany w Piaśnicy.
Życie prywatne 18 kwietnia 1922 w Posadzie Olchowskiej poślubił Bronisławę Jayko (1897–1978), pochodzącą z sanockiego rodu trudniącego się usługami pogrzebowymi. Po wojnie latarnikami byli także brat Leona, Władysław (od 1 maja 1945 do przejścia na emeryturę w wieku 72 lat w 1975), a po jego przejściu na emeryturę syn Leona – Zbigniew (od 1975).
Upamiętnienie Został upamiętniony odsłoniętą 6 września 1969 tablicą pamiątkową na latarni w Rozewiu, która jest położona przy ulicy nazwanej jego imieniem.