Historia Klasztor został założony 12 października 1268 przez margrabiego Miśni Henryka III jako świadectwo pamięci o jego zmarłej żonie Agnieszce. Zakonników sprowadzono z klasztoru Altzella w Saksonii, stąd nazwa. Kompleks klasztorny wzniesiono z cegły pomiędzy 1300–1330. Kościół klasztorny pw. Wniebowzięcia Najświętszej Marii Panny powstał w formie trójnawowej hali w stylu wczesnogotyckim. W dobie średniowiecza mnisi z Neuzelle mieli duże majątki ziemskie. W samych Łużycach Dolnych do klasztoru Neuzelle należało ponad 30 wsi, oprócz tego mieli majątki na terenie sąsiedniej Marchii Brandenburskiej. Ponadto do Cystersów z Neuzelle należało dawne miasto Fürstenberg (obecnie Eisenhüttenstadt). W dobie reformacji klasztor zachował swoją katolicką tożsamość, pomimo że mieszkańcy okolicznych terenów przyjęli nauki Lutra. Należące do Habsburgów Łużyce Dolne po pokoju praskim w 1635 r. zostały przejęte przez protestanckich Wettynów, ale mnisi z Neuzelle otrzymali gwarancję nienaruszalności klasztoru. Dalsze działania wojny trzydziestoletniej spowodowały przejęcie opactwa przez protestantów i zniszczenie gotyckiego kompleksu, toteż po powrocie Cystersów w 1650 zaczęto odbudowywać opactwo w stylu barokowym. Za rządów opata Bernardusa sprowadzono włoskich artystów, w XVIII w.