Współpraca z Isobel Campbell (2004–2013) thumb|Mark Lanegan z Isobel Campbell – 2010 W 2004 artysta podjął współpracę z szkocką wokalistką Isobel Campbell. W kwietniu tego roku artystka wydała minialbum Time Is Just the Same. Lanegan jest autorem utworu Why Does My Head Hurt So?. Utwór został nagrany z jego wokalem. 2 lata później, w 2006, wspólnie wydali album Ballad of the Broken Seas. Drugim wspólnym albumem wydanym przez artystów był Sunday at Devil Dirt (2008). Ostatnim albumem artystów, wydanym wspólnie, był Hawk – 2010. W 2013 oficjalnie zakończyli współpracę.
Współpraca z innymi artystami oraz inne projekty Na początku lat 90. artysta współpracował m.in. z Kurtem Cobainem, z którym, wraz z Markiem Pickerelem oraz Kristem Novoselicem, stworzył projekt Leadbelly, który w założeniu miał wydać płytę inspirowaną brzmieniami Lead Belly’ego. Projekt jednak szybko się rozpadł. Lanegan wykorzystał nagrany przez nich utwór Where Did You Sleep Last Night w swoim pierwszym solowym albumie.
W latach 1994–1995 współpracował z supergrupą Mad Season, wystąpił na albumie Above.