Najeźdźcy z Gundalii Po pokonaniu króla Zenohelda i zażegnaniu problemu Vestalian - Dan, Drago, Shun i Marucho wracają do domu, a ich życie wraca do normy. Bakuprzestrzeń (jest to system „wirtualnej rzeczywistości”, stworzony przez naukowców Marucho) został rozpowszechniony, by młodzież z całego świata znów mogła grać w Bakugan. Ojciec Dana dostał nową pracę, w związku z tym rodzina Kuso przeprowadziła się do miasta Bayview, tam Dan poznaje nowego kolegę − Jake’a Vallory'ego − wielkiego fana Młodych Wojowników. Dan i jego przyjaciele (Shun, Marucho, Ren oraz Jake) będący obecnie „nadzorcami” Bakuprzestrzeni odkrywają, że ostatnio użytkownicy systemu znikają bez śladu. Ren Krawler twierdzi że przybył z planety „Gundalia” a za porwaniami stoją Neathianie - agresywna rasa uwielbiająca wojny i zniszczenie. Młodzi wojownicy wierząc w jego opowieść zaczynają walczyć z Neathiańskimi agentami - do czasu kiedy na Ziemi pojawia się Fabia Sheen księżniczka Neathi, która z pomocą Shuna udowadnia że Ren jest kłamcą, mającym na celu zdobycie zaufania i wsparcie Ziemian, okazuje się, że to jego planeta jest prawdziwym najeźdźcą. Gdy prawda wychodzi na jaw nasi bohaterowie zostają wplątani w wojnę światów, ruszają na Neathię by pomóc Fabii i jej siostrze Królowej Serenie w ocaleniu ich świata.