W czasie wojny siedmioletniej (1756–1763) hetman nie podejmował praktycznie żadnych środków przeciwko naruszeniom granic Polski przez obce armie. Konflikt na tym tle z Potockimi oraz sojusz Francji z Rosją i Habsburgami przeciw Prusom spowodowały zagubienie przywódcy partii hetmańskiej i jego ponowne zbliżenie ok. 1759 r. do Czartoryskich. W tym czasie Branicki stał się reformatorem. Pod jego patronatem powstał memoriał Stanisława Konarskiego O skutecznym rad sposobie, postulujący m.in. zniesienie liberum veto. W 1762 r. hetman wielki koronny został kasztelanem krakowskim, tym samym piastował dwie najwyższe godności świeckie w królestwie. Myślał już w tym czasie o wystawieniu swojej kandydatury podczas nieuchronnie zbliżającej się elekcji po schorowanym Auguście III. Plany te doprowadziły do poróżnienia z Czartoryskimi, gdy stało się jasne, że mają oni swojego kandydata w osobie wojewody ruskiego Augusta Aleksandra Czartoryskiego.
Schyłek życia thumb|upright|Popiersie w kościele Świętej Trójcy w Tykocinie