Inne stawiane Courtois zarzuty dotyczyły niezwykle szerokiej definicji państwa komunistycznego, jaką przyjął, i potraktowania na równi tak różnych reżimów jak kraje Bloku Wschodniego, Kambodża Pol Pota, Chiny, Nikaragua rządzona przez FSLN czy Angola rządzona przez MPLA. Współautorzy książki wyrażali również zdumienie zastosowanym przez Courtois we wstępie porównaniem komunizmu do nazizmu, które ich zdaniem było zbyt dalekie i nazbyt upraszczało problemTu powoływano się głównie na fakt rażącego rozdźwięku między praktyką krajów powołujących się na komunizm a teorią marksistowską. Różnica taka nie występowała między teorią a praktyką nazizmu. Nicolas Werth stwierdził nawet, iż „im dłużej porównuje się nazizm i komunizm, tym więcej różnic rzuca się w oczy”Le Monde, 21 września 2000..

Dalsze prace Po publikacji Czarnej księgi Courtois zawiesił badania nad przeszłością PCF, by zająć się działaniem ruchu komunistycznego w Europie Wschodniej oraz działalnością Kominternu. Jest zwolennikiem tezy o logicznym następstwie leninizmu i stalinizmu oraz o pierwotnej zbrodniczości całej ideologii komunistycznej. Pracował w zespołach redagujących Słownik komunizmu (2007) oraz Czarną księgę rewolucji francuskiej (2008).