Jan jest ujmowany w jego człowieczeństwie, czyli w rozumności, a więc w pewnym ogólnym aspekcie, a nie w konkretności i indywidualności istnienia. Jako że istnieć znaczy być poznawczo zdefiniowanym to w konsekwencji zaciera się różnica między tym, co realne, a tym, co pomyślane.
Proces separacji metafizycznej Słowo separacja (łac. separatio) jest terminem wieloznacznym. W znaczeniu rzeczownikowym oznacza: odłączenie, oddzielenie, wyłączenie, rozszczepienie, rozdzielenie. W znaczeniu czasownikowym (separare) oznacza czynność odłączenia, oddzielenia, a także rozróżniania. W swoim słownikowym rdzeniu separ wskazuje na odrywanie, oddzielenie. W rdzeniu separo z uwzględnieniem przedrostka se- i paro w znaczeniu czasownikowym wskazuje na przygotowywać, czynić gotowym, przysposabiać. Rdzeń separo wskazuje na właściwe znaczenie, eksponując pewną właściwość władzy poznawczej, gotowej do wskazania treści złożonych bytów w jedności tak, aby metoda pozwalała urzeczywistnić byt w pełni swojego bogactwa i zróżnicowania do jednego wspólnego pojęcia bytu jako bytu, jako pojęcia analogicznego. Separację metafizyczną można rozpatrywać z uwzględnieniem dwóch etapów poznawania.