W 1199 roku Mogilany przeszły w ręce prywatne – książę Leszek Biały podarował je swemu przyjacielowi, wojewodzie sandomierskiemu, Goworkowi. W 1231 r. wdowa po Goworku, Miłosława, darowała dobra mogilańskie wojewodzie krakowskiemu Teodorowi Gryficie.
Również z tego roku (1231) pochodzi pierwsza pisemna wzmianka o Mogilanach (w dokumencie księżnej sandomierskiej Grzymisławy, żony Leszka Białego). Kolejny zapis z 1232 r. – „villa nomine Mogilani”, a w latach 1470–1480 nazwa Mogilan u Jana Długosza miała formę współczesną: „in parochia ecclesiae de Mogilany”. W dokumentach z 1564 r. wymieniano Mogielany, ale już w 1581 r. Mogilany.
W roku 1243 kolejnymi właścicielami Mogilan (na 326 lat) zostali oo. cystersi z Ludźmierza (z lat 1238 i 1244 zachowały się dokumenty przekazania Mogilan zakonowi cystersów, potwierdzonego przez Henryka Brodatego i Bolesława Wstydliwego). To cystersi powołali samodzielną parafię w Mogilanach (przed 1325) i wybudowali pierwszy drewniany kościół (przed 1440 r.), który przetrwał do początku XVII w.