Przez kolejne lata dobra mogilańskie, poprzez koligacje rodzinne i spadki, przechodziły z rąk do rąk, należały m.in. do Zborowskich i Borków. W rok po śmierci Wawrzyńca Spytka Jordana, w 1569 r., najmłodsza jego córka, Zofia, wyszła za mąż za Samuela Zborowskiego (mordercę i banitę ściętego w 1584 r.) – dobra mogilańskie przeszły wtedy na własność rodziny Zborowskich.
Pod koniec XVI w. Mogilany stały się własnością rodu Borków. W 1595 r. Mikołaj Borek z Trzcińca (herbu Wąż), ówczesny właściciel Mogilan ufundował szkołę parafialną (przetrwała do początku XVIII w.), a w 1604 r. rozpoczął budowę kościoła z cegły, który obecnie jest kościołem parafialnym w Mogilanach. Po śmierci Mikołaja jedna z jego córek, Krystyna, wyszła za mąż za Stanisława Jordana. W ten sposób w 1629 r. Mogilany powróciły do rodziny Jordanów. Syn Stanisława, Michał Jordan, zasłużył się m.in. wprowadzeniem od 1662 r. metryk parafialnych (zapisów zaślubin, chrztów i zgonów) oraz dofinansowaniem szkoły parafialnej z części dochodów z miejscowych targów. Michał zmarł w 1664 r. – kolejni potomkowie Jordanów, zaprzątnięci innymi sprawami, nie dbali o majątek mogilański, który coraz bardziej podupadał (przyczynił się do tego również potop szwedzki – wojska szwedzkie generała Roberta Douglasa spustoszyły okolice Krakowa, niszcząc przy tym Mogilany).