Na początku wojny Niemcy wywieźli mieszkańców pochodzenia żydowskiego – żaden z wywiezionych nie powrócił. W czasie okupacji niemieckiej dwór mogilański przeszedł w bezpośredni zarząd hitlerowskiego starosty powiatu krakowskiego, który urządził w nim swoją rezydencję. Na terenie Mogilan działała w konspiracji komórka Armii Krajowej.
Po wojnie ziemia dworska została rozparcelowana między chłopów a dwór Konopków przeszedł na własność państwa.
Kalendarium w październiku 1384 roku królewskim traktem biegnącym na granicy Mogilan i ówczesnych Świątnik Górnych podążała z Węgier do Krakowa przyszła królowa i święta, Jadwiga, w 1424 r. przez Mogilany przejeżdżał Władysław Jagiełło, podążający na spotkanie z Zygmuntem Luksemburskim, królem niemieckim, przybywającym do Krakowa na koronację czwartej żony Jagiełły, Zofii Holszańskiej, w 1558 r. Mikołaj Rej napisał w pałacu mogilańskim Żywot człowieka poczciwego, a Maciej Wirzbięta wydrukował to wybitne dzieło w pałacowej drukarni, podczas potopu szwedzkiego, 30 września 1655 r., okoliczni chłopi napadli na wracające z wyprawy na Lanckoronę wojska szwedzkie, poległych Szwedów grzebiąc prawdopodobnie na terenie parku dworskiego (Szwedzi rozgromili chłopów, a w ramach odwetu powrócili miesiąc później – 30 października 1655 r.