W latach 1908–1934 nieprzerwanie był deputowanym do parlamentu (od 14. do 23. kadencji włącznie), pełniąc obowiązki ministra budynków publicznych, dróg i komunikacji (1908-1910), spraw zagranicznych i wyznań wiary (1910-1911, 1918, 1931) oraz sprawiedliwości (1918). W styczniu 1908 po raz pierwszy został premierem kraju, stając na czele samodzielnego gabinetu rządowego demokratów. Jako szef rządu wziął aktywny udział w przygotowaniu ogłoszenia niepodległości przez Księstwo Bułgarii (22 września 1908) i przekształcenia go w Carstwo Bułgarii, a także w pracy nad koniecznymi zmianami w Konstytucji Tyrnowskiej.

Po wybuchu I wojny światowej opowiedział się za uczestnictwem Carstwa Bułgarii w obozie państw Ententy, jednak wbrew jego oczekiwaniom przyłączyło się ono do państw centralnych. W czerwcu 1918, gdy klęska Bułgarii była już nieuchronna, stanął na czele koalicyjnego rządu i zapowiedział rychłe wycofanie kraju z konfliktu. Obietnicy tej nie udało mu się zrealizować i dopiero w ostatnich dniach września zdołał wynegocjować rozejm z Ententą. Ponieważ warunki podpisanego później pokoju okazały się katastrofalne dla Carstwa Bułgarii (utrata 11% terytorium), rząd Malinowa został przez opozycję uznany za współwinny klęski.