Począwszy od 1425 husyci zaczęli organizować odwetowe wyprawy na Śląsk. Reakcja śląskich władców była różna, niektórzy przechodzili na stronę husytów (Bolko V Husyta), inni próbowali walczyć, co też uczynił Henryk IX. Najazd husytów na księstwo głogowskie spowodował duże zniszczenia. Książę głogowski szukał pomocy u króla polskiego Władysława Jagiełły. W zamian za obronę przed husytami obiecał poddać swoje księstwo, ale te starania nie przyniosły większych rezultatów. W 1431, w trakcie kolejnego najazdu husyckiego udało się Henrykowi IX zadać klęskę najeźdźcom i odeprzeć ich. W 1433 wraz z oddziałami polskimi i husyckimi (po układzie w Kaliszu) wziął udział w wojnie przeciw zakonowi krzyżackiemu.
Podczas kolejnej wojny o koronę czeską w latach 1438–1439 Henryk IX wsparł Albrechta Habsburga, który 3 grudnia 1438 we Wrocławiu uznał się lennikiem. Na początku roku następnego udało mu się rozbić u przepraw przez Odrę wielkopolskie pospolite ruszenie, mimo znacznie mniejszych sił.
Reputacja Henryka IX na Śląsku była duża – na przykład w 1444 został mediatorem w konflikcie między książętami oleśnickimi.