Historia poznania Jaskinia na Biśniku znana jest od dawna. Po raz pierwszy opisał ją Kazimierz Kowalski w 1951 r. jako dwie oddzielne jaskinie; część górną jako Schronisko na Biśniku koło Smolenia górne, część dolną jako właściwą Jaskinię na Biśniku. Jest to jednak jedna jaskinia, i już w 1986 A. Górny i M. Szelerewicz to dostrzegli. Od dawna jej namulisko było przekopywane, już Kowalski w swoim opisie podaje, że były w niej liczne „dzikie wykopy”. Znajdywano w niej skamieniałe kości, a na powierzchni skorupy glinianych naczyń. Obecnie jaskinia jest ważnym stanowiskiem archeologicznym. Systematyczne badania naukowe prowadzone są w niej od 1992 r. W grudniu 1998 r. zamknięto jej otwór metalową kratą, która co jakiś czas przez nieznanych sprawców jest przepiłowywana, lub podkopywana.
Najstarsze znaleziska wydobyte z namuliska jaskini datuje się wstępnie się na ok. 270 tysięcy lat (wyniki tych badań wymagają potwierdzenia). Intensywne osadnictwo na tym terenie istniało z przerwami do czasów średniowiecza, kiedy to jaskinia w masywie Biśnika służyła jako tymczasowe schronienie. Dzięki badaniom archeologicznym poznano życie ludzi od środkowego paleolitu po czasy współczesne. Jaskinię zamieszkiwał Homo erectus.