Ołtarz główny powstał w latach 1743-1748 z fundacji biskupa Adama Stanisława Grabowskiego. Zdobią go monumentalne rzeźby męczenników Wojciecha i Stanisława, dzieło Krzysztofa Perwangera. W zamknięciu nawy południowej znajduje się ołtarz mariacki – tryptyk z ok. 1430. W nawie północnej – późnogotycki tryptyk św. Anny z ok. 1500 z rzeźbioną grupą św. Anny Samotrzeć. Przy drugim filarze południowym jest ołtarz św. Sebastiana z 1642 obecnie czczony jako ołtarz Madonny Dobromiejskiej. Po przeciwległej stronie znajduje się ołtarz Trójcy Świętej z końca XVII w. z wybitną późnogotycką rzeźbą Tron Łaski z początku XVI w.
Ciekawymi zabytkami są również: ambona powstała w 1693 z fundacji biskupa Zbąskiego i dziekana dobromiejskiego Jerzego Ignacego Teschnera, a także ogrodzenie chrzcielnicy z 1670–80 i stalle z 1673 ze stopniami w kształcie lwów, zachowane z pierwotnych stalli gotyckich z końca XIV w.
Niewątpliwą atrakcją dla turystów są organy. Posiadają one 49 głosów i 3522 piszczałki. W sezonie letnim organizowane są koncerty.
Biblioteka kapitulna pełni obecnie funkcję muzeum i jest udostępniona zwiedzającym. Można w nim zobaczyć pozostałości dawnego wyposażenia kolegiaty. Bogaty skarbiec i księgozbiór uległ niestety rozproszeniu po ostatniej wojnie.